Am 1.4.1913 fand in Müllekoven der erste Unterricht statt. Dieses freudige Ereignis hatte eine längere Vorgeschichte.

Schon im 19. Jahrhundert kam langsam in Müllekoven der Wunsch nach einer eigenständigen Schule auf. Zu dieser Zeit gehörten sowohl Müllekoven als auch das Nachbardorf Bergheim noch zu der Gemeinde Sieglar. Die Kinder aus beiden Ortschaften besuchten gemeinsam die Schule in Bergheim. Der Weg zu diesem Schulgebäude ist den Kindern aus beiden Orten zumutbar – beschied die Regierung noch im Jahr 1831.
Im Jahr 1872 wurde der Antrag auf Errichtung einer Schule intensiv im Gemeinderat von Bergheim diskutiert und als zu teuer verworfen.
Fortgeführt wurden die Überlegungen erst wieder im Jahr 1908. Die Bürger von Müllekoven verliehen ihrem Wunsch Ausdruck, indem sie anboten, das Grundstück für die Errichtung des Gebäudes zu schenken. Trotz des großzügigen Angebots war die Schulgründung nicht bezahlbar. Erst im Mai 1912 stellte die Regierung die notwendigen 15.000 Mark zur Verfügung. Ferner erhielt man nochmals 8.000 Mark aus einem anderen Fonds.

Das von den Einwohnern von Müllekoven geschenkte Grundstück wurde noch ergänzt um eine Parzelle, die für 1.000 Mark von Familie Heinrich gekauft wurde. Der Plan des Gebäudes stammte vom Kreisbauamt in Siegburg, welches auch die Bauleitung übernahm. Schulbänke und Lehrerkatheder lieferte für etwa 1.100 Mark der Müllekovener Schreinermeister Konrad Mundorf.
Wenn die Finanzierung des Gebäudes auch gesichert war, so blieb doch die Zahlung der Lehrergehälter für das kleine Dorf eine dauernde Belastung.

In der Anfangszeit wurden 120 Müllekovener Kindern in zwei jahrgangsübergreifenden Klassen unterrichtet. Frau Tünsmeyer unterrichtet die Klasse 1 bis 4 und Herr Hausmann die Schuljahre  5 bis 8. Ab 1926 unterrichtete Herr Bachem als zweiter Lehrer an der Schule.

1947 trat Christian Hausmann in den Ruhestand. Herr Bachem wurde Schulleiter.
Im selben Jahr stieg die Zahl der Schulkinder durch den Zuzug von zwanzig Flüchtlingskindern aus dem Osten auf 147. Es wurde eine dritte Lehrerstelle und Klasse eingerichtet. Neben Bachem unterrichteten damals Franz Popp, bisher in Uckendorf, und nacheinander eine Reihe von nur kurzfristig tätigen Lehrkräften in Müllekoven.
1957 wurde Kaspar Baumann Schulleiter.

Im Mai 1959 begann man mit dem Anbau der Schule, der 1960 fertig gestellt wurde.
„Unmittelbar an das vorhandene Schulgebäude wird sich ein Zwischenstück mit verglasten Seitenwänden und einem Eingang anschließen. Im rechten Winkel dazu wird der Trakt angebaut, der im Erdgeschoss einen Klassen- und einen Gruppenraum aufnimmt. Der Flur führt nach hinten zur überdachten Pausenhalle. Im Keller ist ein Hauswirtschafts- und ein Physikraum (zugleich Werkraum) vorgesehen“
Im Mai 1960 zog man in die schönen, neu möblierten Räume ein, bald danach wurde der Außenputz des alten Gebäudes erneuert, das Schulgelände neu eingefriedet, der Schulhof befestigt, und am Rande mit Ziersträuchern bepflanzt, der Lehrergarten abgetrennt, ein Sportgeräteraum, verbesserte Toiletten sowie ein Fahrradständer geschaffen.
Seit 1952 hatte die Schülerzahl um 110 geschwankt und war zeitweise sogar unter hundert gesunken, bis sie seit 1960 (118 Schüler) langsam auf 127 (1962) auf 158 (1964) stieg.
1964 wurde die Schule dann nochmals um einen weiteren Klassenraum erweitert. 1965 wurde Hans Brand Schulleiter.
Ein großer Umbruch für die Schule kam im Jahr 1968. In diesem Jahr wurde die Schule in eine katholische Grundschule mit den Klassen 1 bis 4 umgewandelt. Seit August 1968 besuchten die Müllekovener Kinder des 5. bis 9. Schuljahres wie ihre Großeltern wieder die Schule in Bergheim.
Im Jahr 1975 stand die Schule kurz vor der Schließung. In einem Brief vom Regierungspräsidenten Günter Heidecke an den Stadtdirektor in Troisdorf hieß es:
„Die Kath.-Grundschule Troisdorf-Müllekoven erfüllt seit Jahren nicht die Voraussetzungen eines geordneten Schulbetriebes gem. § 16 a Abs. 2 SchOG. Ich bitte, die erforderlichen schulorganisatorischen Maßnahmen (§ 16 a Abs. 4 SchOG) so rechtzeitig in die Wege zu leiten, daß sie zu Beginn des Schuljahres 1975/76 abgeschlossen sind, wobei
die Zusammenlegung mit der Gemeinschaftsgrundschule Troisdorf-Bergheim die beste Lösung wäre.“
Der Hauptgrund für die Schließung sollte die Klassengröße von jeweils 25 Kindern sein. Damit besuchten wesentlich weniger Kinder die Klassen, als vom Gesetz her vorgeschrieben 40. Laut Prognose der Bezirksregierung würde sich an dieser Situation auch in den nächsten Jahren nichts ändern und daher eine Zusammenlegung mit der Grundschule in Bergheim unumgänglich sein.
Einer Initiative von den Müllekovener Eltern gelang es, gemeinsam mit dem Stadtdirektor Gerhardus die drohende Schließung abzuwenden. Gegen die Begründung für die Schließung der Schule wurde angewandt, dass die damalige geforderte Klassengröße aktuellen pädagogischen Gesichtspunkten widersprach. Eine Absenkung der Klassenrichtzahl war damals schon absehbar. Die Prognose der Bezirksregierung wurde angezweifelt. Aufgrund der bevorstehenden Fertigstellung des Autoschnellstraßen-Anschlusses wäre mit einer Zunahme der Bevölkerung zu rechnen. Darüber hinaus wurde auch auf die Vorzüge der kleinen Schule in Müllekoven eingegangen und auf die damaligen, nicht vorhandenen baulichen Voraussetzungen in Bergheim. Der Einsatz der Müllekovener für Ihre Schule zeigte Erfolge. Die Anmeldung für das Schuljahr 1976/77 stiegen wieder an und der Erhalt der Schule war gesichert.
In dem Jahr 1978 arbeiteten folgendes Lehrpersonal an der Schule:
Klasse 1: Frau Hagedorn
Klasse 2: Frau Fischer
Klasse 3: Herr Rondorf
Klasse 4: Frau Beu
Im Jahr 1979 übernahm Josef Rondorf als Hauptlehrer die Schulleitung.
Nach einem Jahr Bauzeit wurde im Jahr 1989 die Mehrzweckhalle eingeweiht. Müllekoven und die Schulen bekamen damit eine eigene Sportstätte. Damit fielen die Busfahrten zur Sporthalle nach Bergheim weg. Die Unterrichtszeit konnte effektiver genutzt werden. Die Stundenplanung wurde flexibler. Aufgrund des großzügigen Platzangebots wurde mit der Mehrzweckhalle ein Raum für schulische Feiern aller Art geschaffen.
Am 10.11.1995 kam es zu einem Zwischenfall am Martinsfeuer. Kurz bevor die Kinder sich  wie jedes Jahr versammelt hatten, explodierte das Feuer. Es gab eine große Druckwelle und große Bretter und Pallettenteile wurden durch die Luft geschleudert. Dabei wurde eine 60jährige Frau und ihr zweijähriges Enkelkind leicht verletzt. Viele andere Kinder weinten und mussten beruhigt werden.
Ab dem Jahr 2000 übernahm Frau Tavernier die Schulleitung der KGS Müllekoven. Ab dem 1.8.2002 nahm die Grundschule an dem Projekt Selbstständige Schule teil.
Seit dem 7.5.2002 verfügt die Schule über eine Schulbücherei.
In den Jahren 2001/2 wurden die Schulen mit PCs ausgestattet. Jede Klasse konnte mit 5 Rechnern pro Klassenraum arbeiten.
Eine wichtige Erweiterung der Schule kam 2004 hinzu. Das Dach wurde ausgebaut und ein neuer Klassenraum geschaffen. Die Arbeitsbedingungen wurden damit wesentlich verbessert. Der freiwerdende Raum diente der Klasse 1 als Nebenraum und die Klasse 3 hatte einen großzügigen Klassenraum unter dem Dach. Im gleichen Jahr wurden mit tatkräftiger Unterstützung der Eltern die Spielgeräte auf dem Schulhof modernisiert.
Mitte Juli 2007 brannte der Kindergarten in Troisdorf-Müllekoven komplett aus.  In Mitleidenschaft gezogen wurde bei dem Brand der gerade fast fertig gestellte Anbau, in dem nach den Sommerferien das Projekt TROGATA, die Troisdorfer offene Ganztagsschule, starten sollte. Kurzfristig  gelang es dem Leiter des städtischen Jugendamtes, Herbert Pauli, für die TROGATA-Betreuung provisorisch Ersatz zu schaffen. Auf dem Gelände der Grundschule wurde schon eine Woche nach dem Brand ein Provisorium errichtet, in dem die offene Ganztagsbetreuung in den kommenden Monaten stattfinden konnte. Ab dem 1.8.2007 konnten dann die ersten Kinder die Trogata der KGS Müllekoven besuchen.
Im Jahr 2011 wurde Frau Tavernier verabschiedet und Herr Niklas Tervooren übernahm die Schulleitung. Im Jahr 2012 wurde aus brandschutzrechtlichen Gründen die Schulbücherei in den  Nebenraum der Klasse 1 verlegt.
Im Jahr 2012 wurden nach und nach die Klassenräume renoviert. Der Klassenraum des ersten und des zweiten Schuljahres wurden neu gestrichen und ein neuer Boden wurde verlegt. Mit tatkräftiger Unterstützung von Eltern konnte darüber hinaus noch die Klasse 4 neu gestrichen werden. Anfang 2013 gab es dann für diesen Raum auch die lang ersehnten neuen Fenster. Im Mai des gleichen Jahres wurde das Foyer, das von der Schule für kleinere Feierlichkeiten und Versammlungen genutzt wird neu gestrichen. Ebenfalls in diesem Jahr werden die Computer in allen Klassenräumen ausgetauscht und durch aktuellere Modelle ersetzt.